Come fare un videoclip di una molecola

Molucad, uno dei freeware più versatili per la modellistica molecolare

Un pallino che mi attanagliava da tempo (si lo so, sono un po’ strano), era quello di disegnare una molecola qualsiasi con le forme di Van der Waals (quelle a palloncini), predisporre una rotazione variabile e estrarre il filmato in formato avi, pronto per essere pubblicato e utilizzato anche per una didattica più accattivante.

La ricerca di un software adatto è stata lunga e laboriosa, le condizioni da rispettare erano rigorose e prevedevano l’estrema facilità d’uso, la condizione di software open source o freeware, anche per decorrenza dei termini di licenza. Chiaramente non poteva mancare il supporto per il 3D e l’animazione. Infine, assolutamente indispensabile, la possibilità di esportare il tutto in un file video manipolabile con programmi comuni.

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Atlante Digitale dell’Universo (per tutti)

Il Digital Universe Atlas è un progetto avviato dal 1998 dal Museo Americano di Storia Naturale e dal Planetario Hayden, con il significativo supporto della NASA e del NCSA (National Center for Supercomputing Applications).

Si tratta di un atlante digitale, rilasciato con licenza open source, liberamente scaricabile e disponibile per le principali architetture hardware e software (Linux, Windows, Mac e IRIX). Dispone di un motore grafico molto più potente di qualsiasi altra applicazione freeware esistente, tuttavia è ancora poco noto tra gli astronomi dilettanti e consente una visualizzazione dell’universo conosciuto in 4 dimensioni.

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Quando giocare fa bene alla scienza

Come per il calcolo distribuito dei client di BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) in cui per partecipare è sufficiente mettere a disposizione il tempo morto del proprio personal computer per sostenere diversi progetti scientifici come il SETI@home (analisi dei dati provenienti dai radiotelescopi per la ricerca della vita extraterrestre), o il Rosetta@home (previsione della struttura delle proteine), LHC@home, e molti altri che trovate qui, esistono altri progetti scientifici con maggiore interattività che consentono la partecipazione attiva degli utenti finalizzata alla ricerca condivisa.

Foldit, il gioco online di David Baker, sfrutta le capacità di base dei volontari per risolvere la struttura tridimensionale delle proteine. C. MCLEAN/UW MEDICINE

Uno di questi è foldit, il videogioco sperimentale sviluppato in collaborazione con i dipartimenti di informatica, ingegneria e biochimica dell’Università di Washington e rilasciato nel 2008. Finora ha conquistato ben 57.000 consensi da liberi giocatori che consapevolmente mettono a disposizione il loro intuito per il bene scientifico comune. Il software è scaricabile gratuitamente, e la partecipazione al progetto è libera.

Il gioco consiste in un vero e proprio rompicapo che riguarda le problematiche del ripiegamento molecolare delle proteine, attraverso il quale le macromolecole biologiche in questione raggiungono una struttura tridimensionale al fine di assumere la loro funzione fisiologica.

Dopo una serie di tutorial necessari per l’apprendimento del gioco, periodicamente vengono rilasciati dei puzzle che contengono progettazioni di strutture o ricerche su nuove proteine, che l’utente-giocatore manipola al fine di trovare la struttura più probabile (con più bassa energia), a cui viene attribuito un punteggio in base all’efficacia funzionale o sul corretto ripiegamento della proteina. Questi punteggi permettono di realizzare una classifica per ogni puzzle e una classifica globale degli utenti. Gli utenti di Foldit possono creare dei gruppi e condividere le “soluzioni” dei puzzle.

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Atomix, il puzzle vintage degli anni novanta!

Il quarto livello, sempre più arduo

Pochi lo ricorderanno, Atomix era uno dei primi videogiochi interamente dedicati alla sintesi molecolare che girava sui gloriosi 286 dei primi anni novanta. Un vero rompicapo realizzato per il Commodore da Günter Krämer e presente anche nelle versioni per pc ms-dos, Amiga e Atari ST, il cui scopo era quello di assemblare diversi tipi di atomi su uno schema bidimensionale per formare la molecola obiettivo.

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