Come fare un videoclip di una molecola

Molucad, uno dei freeware più versatili per la modellistica molecolare

Un pallino che mi attanagliava da tempo (si lo so, sono un po’ strano), era quello di disegnare una molecola qualsiasi con le forme di Van der Waals (quelle a palloncini), predisporre una rotazione variabile e estrarre il filmato in formato avi, pronto per essere pubblicato e utilizzato anche per una didattica più accattivante.

La ricerca di un software adatto è stata lunga e laboriosa, le condizioni da rispettare erano rigorose e prevedevano l’estrema facilità d’uso, la condizione di software open source o freeware, anche per decorrenza dei termini di licenza. Chiaramente non poteva mancare il supporto per il 3D e l’animazione. Infine, assolutamente indispensabile, la possibilità di esportare il tutto in un file video manipolabile con programmi comuni.

Dopo svariati tentativi, errando confusamente tra software blasonati e form di registrazione che pretendevano che indicassi perfino il colore dei miei calzini, finalmente sono approdato su una pagina molto umile con le seguenti informazioni:

MoluCAD è un software di modellistica molecolare full-optional e uno strumento per la visualizzazione progettato per Windows. Originariamente concepito come un aiuto per gli studenti di chimica organica, MoluCAD si è rapidamente evoluto in molto di più. L’ultima versione include molte caratteristiche avanzate disponibili soltanto in costosi pacchetti di modellazione workstation-based. Facilità di utilizzo, alta qualità grafica e la robustezza di calcolo sono marchi di MoluCAD. Gli utenti alle prime armi sono in grado di generare rapidamente i modelli, visualizzarli sotto forma qualsiasi prospettiva, creare animazioni di reazione, e salvare tutti i dati su disco. MoluCAD è distribuito gratuitamente da questo sito.

Sembrava proprio in regola per l’ennesima prova, et voilà, mi dedico alla banale creazione della struttura del borato di nichel, una molecola  tuttavia molto interessante per le sue proprietà di catalizzatore, che secondo alcuni potrebbe riempire una annosa lacuna tra i materiali disponibili ed incrementare la produzione di ossigeno fino a 200 volte.

Schema del sistema energetico personalizzato di Daniel Nocera. Imagecredit: Ufficio News MIT

La prestazione non è l’unica considerazione da fare. Da un punto di vista del contenimento dei costi, l’annuncio di Daniel Nocera, un brillante chimico americano, rappresenta una svolta epocale perché il nuovo catalizzatore elimina l’incombenza del costo del platino o l’impiego di altre sostanze chimiche più o meno tossiche. (Tratto da un articolo dell’American Ceramic Society)

Per chiunque sia interessato al lavoro di  Nocera, vale assolutamente la pena di leggere una sua intervista di gennaio con Nachrichten, dal titolo “Amo vedere tutti quei pannelli solari“.

All’epoca, Nocera stava lavorando con cobalto e fosfato come catalizzatori, e anche allora si sentiva come la capacità di fabbricazione di un catalizzatore molto più economico era solo dietro l’angolo.

Lasciando la digressione ambientalista alle spalle, ecco che MoluCAD si presenta molto user-friendly con la sua interfaccia intuitiva, e una breve occhiata al piccolo tutorial che offre il suo modesto help, chiarisce ogni dubbio.

L’inserimento degli atomi di boro e nichel è facilitato dalla selezione su una comoda riproduzione della tavola periodica degli elementi e per spostare e legare fra di loro gli atomi, sono sufficienti pochi click del mouse.

A molecola terminata, esploro i menu per le animazioni e scopro che su View compare la voce “spin continuously“, la quale se attivata mostra tre cursori per variare la direzione di rotazione sui tre assi, e simultaneamente riproduce il risultato in tempo reale.

A questo punto dal menu Option, bisogna selezionare “Capture screen updates“, scegliere “AVI” dalla schermata successiva, scegliere nome e destinazione del file, lasciare invariati i parametri della cattura AVI (o variarli se si sa cosa si sta facendo!), infine scegliere il codec video di compressione (io utilizzo normalmente XViD).

Vi assicuro che è molto più semplice farlo che scriverlo, e il risultato che condivido è il seguente, aggraziato dalla splendide note di Federica Fornabaio, “Ricordi In Fuga”. La musica è stata aggiunta grazie al programma freeware di videoediting molto completo che risponde al nome di Virtualdub, e si scarica qui.

Allora, cosa ne dite? Diventerò un regista affermato nel campo del trash molecolare?😀

Fonti:

Molucad via kinematics.com

Articolo dell’ACerS

Elenco di freeware per design molecolare (Wikipedia.en)

4 thoughts on “Come fare un videoclip di una molecola

    • Si, lo avevo visto, ma quando ho tentato di scaricarlo ho scoperto che era necessario registrarsi e sono passato oltre. In realtà credo che ce ne siano molti altri, e anche il recente Avogadro (che oltretutto è anche in italiano!) mi sembra supportare queste funzioni, oltre a disporre di tools avanzatissimi per quel tipo di programma. Purtroppo si blocca in continuazione e non si riesce ad utilizzare, rimango in trepidante attesa della prossima release.😉

  1. Pingback: Metti un giorno il sole in cassaforte! « Il chimico impertinente

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